Si bien, en sus orígenes, el Instituto tenía una gran proporción de sus líneas de investigación dedicadas a los bioprocesos, con el paso del tiempo y el crecimiento del Centro, dichas líneas se han ido diversificando, incorporando nuevas experticias y tecnologías. Actualmente, las líneas pueden ser englobadas dentro de cuatro grandes áreas: Salud, Medio ambiente, Agro y Bioprocesos/alimentos.