Las investigaciones originales sobre fermentaciones industriales fueron lentamente dando a lugar a numerosas líneas de investigación sobre bioprocesos con aplicaciones en diversos campos, salud, medio ambiente, agricultura, alimentos, etc. Desde su creación se han finalizado numerosas tesis doctorales, se han publicado varias centenas de trabajos en revistas internacionales y se han logrado numerosas transferencias de tecnología al sector productivo. En la actualidad el CINDEFI es una de las Unidades Ejecutoras pertenecientes al CCT La Plata dentro del convenio marco CONICET-UNLP.